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真迈生物与博瑞迪生物联合发布GenoLab M玉米1K液相芯片测评数据
时间:
2022-02-25
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今天我们与农业液相芯片开创者博瑞迪生物合作,联合发布GenoLab M基因测序仪在分子育种领域的测试数据。

本次测试基于博瑞迪GenoBaits® Maize 1K Panel完成了94个玉米自交系样本的文库制备,使用GenoLab M和DNBSEQ-T7测序平台进行测序,并对数据进行了全面的分析对比工作。

测试结果显示GenoLab M 数据质量高,数据有效率、产出均一性与目标区段覆盖均一性好,基因分型结果与对比平台一致性平均值达到了99.92%。

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测序威尼斯游戏网站介绍:GenoBaits® Maize 1K Panel

GenoBaits® Maize 1K Panel是博瑞迪联合中国农业科学院作物科学研究所徐云碧团队共同开发的玉米1K液相芯片。该芯片位点筛选自全球1218份玉米材料构建的HapMap3数据库(83M SNP位点),并基于博瑞迪自主研发的GenoBaits® 威尼斯游戏网站进行开发,使用647份骨干自交系对标记进行筛选、优化,最终形成了包含1354个核心SNP位点(4589个SNP标记)的玉米1K液相捕获芯片。

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图1 GenoBaits® Maize 1K Panel核心SNP位点染色体分布图

(标尺释义:在基因组上每个滑动窗口(λ =400Kb)内SNP的个数。)

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图2 GenoBaits® Maize 1K Panel核心SNP位点MAF(Minor allele frequency)分布图


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测试方案介绍

测试用样本:94个玉米自交系

测试用Panel:GenoBaits® Maize 1K Panel(核心SNP位点1354个)

测试用平台:GenoLab M(FCM PE150)、DNBSEQ-T7(PE150)

测试实验:博瑞迪团队基于GenoBaits® Maize 1K Panel对94个玉米自交系进行文库构建,构建好的文库(下文使用“玉米文库”)分别在GenoLab M(真迈生物团队完成)、DNBSEQ-T7测序平台上机测序

数据量要求:≥0.1Gb raw data/样本

数据分析:博瑞迪团队完成

表1 测试方案

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对比测试结果

测序数据质量高且数据产出均一性好

如图3所示,GenoLab M(GM)下机数据完成拆分后样本数据产出均一性表现优秀,在94份测序数据中,大于89.36%达到样本平均数据量的90%以上。GenoLab M(GM)和DNBSEQ-T7(T7)的clean/raw reads比率平均值均大于99%,clean data >Q20>95%,>Q30>85%。

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图3 GM和T7平台94份样本数据产出均一性表现

(注:数据产出均一性=实际产出数据/平均产出数据量)

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图4 GM和T7平台94份样本数据clean data质量值表现

基因组目标区段覆盖均一性好、数据有效率高

将样本测序数据比对到参考基因组(B73),GenoLab M测序数据平均基因组比对率为89.49%、平均目标区域捕获效率为71.45%。GenoLab M(mean depth 144X)与DNBSEQ-T7(mean depth 255X)在目标区段覆盖均一性上表现基本一致,所有样本测序数据的uniformity_rate50均大于90%。

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图5 GM和T7平台94份样本数据基因组比对率和目标区域捕获效率表现

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图6 GM和T7平台94份样本数据目标区段覆盖均一性表现

(注:目标区段:每个目标区段拥有≥1个SNP位点,目标区段数=核心SNP位点数。覆盖均一性:目标区段覆盖深度/总目标区段平均覆盖深度。uniformity_rate10/20/50指覆盖均一性大于10%/20%/50%区段数的占比)

核心SNP位点基因分型结果一致性高

94份玉米自交系样本覆盖了GenoBaits®Maize 1K Panel 1354个核心SNP位点中的1222个,GenoLab M和DNBSEQ-T7测序数据平均支撑了99.51%的SNP位点检出,且两个平台基因分型一致性达到了99.67%以上(最小值:99.67%、平均值:99.92%、最大值:100.00%)。

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图7 GM和T7平台测序数据核心SNP位点检出表现

综合上述测试结果,基于GenoBaits® Maize 1K Panel构建的文库在GenoLab M和DNBSEQ-T7上进行测序,对比分析两平台数据,GenoLab M 表现优异,与DNBSEQ-T7基因分型结果一致性高。

真迈生物和博瑞迪生物在未来将开展进一步的深度合作,双方将发挥各自在生物威尼斯游戏网站领域的优势,共同推进高通量测序威尼斯游戏网站在分子育种领域的威尼斯游戏网站,助力中国分子育种的产业化发展。

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